Le tracce più antiche della presenza umana nel territorio assisiate risalgono al Neolitico.

Numerosi reperti archeologici indicano che Assisi trae le sue origini da un piccolo villaggio abitato dagli Umbri già nel periodo villanoviano, i quali intrattenevano profondi rapporti (soprattutto commerciali) con i vicini Etruschi, stanziati sulla sponda occidentale del Tevere, dai quali differivano, però, per lingua e cultura.

I Romani nel 295 a.C., con la battaglia del Sentino, imposero definitivamente il loro dominio anche nell’Italia Centrale. La città umbra ebbe il nome di Asisium e fu monumentalizzata a partire dal II secolo a.C. Nell’89 a.C. divenne municipium e fu un importante centro economico e sociale dell’Impero romano. Con il crollo dell’Impero romano anche Assisi conobbe la buia età delle invasioni barbariche e, nel 545, fu saccheggiata dai Goti diTotila. Conquistata dai Bizantini, passò poco tempo dopo sotto il dominio longobardo e venne annessa al Ducato di Spoleto, del quale condivise le sorti fino all’inizio del XII secolo.

Dopo un periodo di guerre, nel 1174 fu assediata e conquistata da Federico Barbarossa, che diede l’investitura della città al duca Corrado di Lutzen, detto anche Corrado di Urslingen: Assisi divenne dominio imperiale, ma sollevazioni popolari (1198) inaugurarono ben presto l’epoca comunale, non senza lotte interne e guerre con la vicina Perugia. Tra 1181 e il 1182, nasce ad Assisi Francesco – figlio di Pietro di Bernardone e Madonna Pica – il futuro santo che, con la sua opera, segnerà la storia del luogo e dell’umanità.

Durante la fine della prima metà del Duecento l’Assisi guelfa subì vari assedi da parte delle truppe saracene e tartare facenti parte del grande esercito di Federico II di Svevia. Negli anni a seguire Assisi vide alternarsi al controllo della città guelfi e ghibellini. Successivamente la città passò sotto il dominio della Chiesa, dei Perugini, di Gian Galeazzo Visconti, dei Montefeltro, di Braccio Fortebraccio da Montone, passando infine sotto il controllo di Francesco Sforza.

Nel novembre del 1442 Assisi, difesa in quel periodo da Alessandro Sforza, subisce l’assedio delle truppe comandate dal Piccinino. Dopo molti giorni di vani tentativi le truppe assedianti, anche grazie all’aiuto di un frate traditore, riescono a penetrare all’interno della cinta di mura.

Assisi viene pesantemente devastata e saccheggiata ma il Piccinino si oppone comunque alla completa distruzione della città rifiutando i 15000 fiorini offerti dai perugini. Le fazioni de Sopra (schierati con i Ghibellini) e dei Fiumi (della Parte de Sotto legati ai Guelfi) si fronteggiarono fino al XVI secolo quando la conquista dell’Umbria da parte di papa Paolo III restituì alla città un periodo di pace e tranquillità.

Al colmo del suo splendore comunale venne dilaniata dalle lotte tra Parte de Sotto legata ai Guelfi e Parte de Sopra schierata con i Ghibellini che si fronteggiarono fino al XVI secolo.

Per mettere fine a queste lotte intestine, il governatore Andrea Cruciani ridivise la città in tre Terzieri a cui vennero imposti i nomi di S. Francesco, S.Rufino, Divine Marie. Ed è per rievocare questa storica decisione che la Compagnia Balestrieri tutti gli anni nell’ultima settimana di Agosto disputa una gara tra terzieri denominata “Palio di San Rufino”.

Nel medioevo, infatti sul sagrato del Duomo il 2 di Agosto, festa del Santo Patrono San Rufino, veniva disputato il Palio della Balestra, le cui documentazioni risalgono al 1452 con la partecipazione di balestrieri provenienti anche dalle città limitrofe quali Borgo San Sepolcro, Gubbio, Iesi, ecc.